Mysterium bezeichnet eine heilige, verborgene oder nicht vollständig erklärbare Wirklichkeit. Das Wort stammt über das lateinische mysterium vom griechischen mystḗrion. Es ist mit mýstēs, dem Eingeweihten, und mit einem Wortfeld des Verschließens, Schweigens und Einweihens verbunden.
In der antiken Religionsgeschichte bezeichneten Mysterien kultische Feiern und Einweihungsriten, deren genauer Ablauf nur den aufgenommenen Teilnehmern bekannt sein durfte. Zu den bekanntesten Beispielen gehören die Mysterien von Eleusis. Solche Kulte waren nicht grundsätzlich von der übrigen Gesellschaft abgeschottet; vielmehr waren bestimmte Erfahrungen, Erzählungen und Handlungen den Eingeweihten vorbehalten.
Ein Mysterium ist daher nicht lediglich eine unbekannte Information oder ein noch ungelöstes Rätsel. Es bezeichnet häufig etwas, das durch Ritual, Offenbarung, religiöse Erfahrung oder symbolische Darstellung zugänglich wird, sich aber dennoch einer vollständigen begrifflichen Erklärung entzieht. Ein Mysterium kann erkannt, erfahren oder gedeutet werden, ohne dadurch völlig erklärbar zu werden.
In heutigen paganen und anderen religiösen Traditionen kann der Begriff für heilige Zusammenhänge, Initiationserfahrungen oder die als unergründlich empfundene Tiefe von Natur und Göttlichkeit verwendet werden. Religionswissenschaftlich sollte er beschreibend gebraucht werden und nicht als Hinweis auf Irrationalität, Täuschung oder angeblich gefährliche Geheimlehren.